農(nóng)業(yè)農(nóng)村部南海漁業(yè)資源環(huán)境科學(xué)觀測(cè)實(shí)驗(yàn)站依托中國(guó)水產(chǎn)科學(xué)研究院南海水產(chǎn)研究所建設(shè)，中國(guó)水產(chǎn)科學(xué)研究院南海水產(chǎn)研究所成立于1953年、隸屬于農(nóng)業(yè)農(nóng)村部中國(guó)水產(chǎn)科學(xué)研究院，是我國(guó)南海區(qū)域從事熱帶亞熱帶水產(chǎn)基礎(chǔ)與應(yīng)用基礎(chǔ)研究、水產(chǎn)高新技術(shù)和水產(chǎn)重大應(yīng)用技術(shù)研究的公益性國(guó)家級(jí)科研創(chuàng)新機(jī)構(gòu)。

中國(guó)水產(chǎn)科學(xué)研究院南海水產(chǎn)研究所是最早在南海北部開(kāi)展海洋漁業(yè)資源與生態(tài)環(huán)境監(jiān)測(cè)工作的單位，早在20世紀(jì)70年代就先后在廣東汕尾和深圳蛇口設(shè)立兩個(gè)實(shí)驗(yàn)站，啟動(dòng)了對(duì)南海北部近海漁業(yè)資源與生態(tài)環(huán)境的常規(guī)監(jiān)測(cè)。1979年，農(nóng)業(yè)農(nóng)村部批復(fù)同意中國(guó)水產(chǎn)科學(xué)研究院南海水產(chǎn)研究所在深圳鹽田建設(shè)深圳試驗(yàn)基地，試驗(yàn)基地的一項(xiàng)基本任務(wù)就是監(jiān)測(cè)南海漁業(yè)資源情況。

1985年，作為我國(guó)漁業(yè)生態(tài)環(huán)境監(jiān)測(cè)網(wǎng)絡(luò)的第一批海區(qū)監(jiān)測(cè)站—農(nóng)業(yè)農(nóng)村部漁業(yè)生態(tài)環(huán)境監(jiān)測(cè)中心南海區(qū)監(jiān)測(cè)站在中國(guó)水產(chǎn)科學(xué)研究院南海水產(chǎn)研究所掛牌成立，標(biāo)志著南海區(qū)漁業(yè)資源與生態(tài)環(huán)境監(jiān)測(cè)工作規(guī)范、系統(tǒng)、全面地開(kāi)展。

1988年，農(nóng)業(yè)農(nóng)村部批復(fù)同意中國(guó)水產(chǎn)科學(xué)研究院南海水產(chǎn)研究所在海南三亞建設(shè)熱帶水產(chǎn)研究開(kāi)發(fā)中心，使中國(guó)水產(chǎn)科學(xué)研究院南海水產(chǎn)研究所對(duì)熱帶海域漁業(yè)資源與生態(tài)環(huán)境監(jiān)測(cè)工作的進(jìn)一步展開(kāi)。

20世紀(jì)90年代初，中國(guó)水產(chǎn)科學(xué)研究院南海水產(chǎn)研究所在深圳試驗(yàn)基地設(shè)立了海洋瀕危野生動(dòng)物保護(hù)站和野生動(dòng)物救助站，建成了以中華白海豚和珊瑚礁為主的野外監(jiān)測(cè)網(wǎng)絡(luò)，重點(diǎn)監(jiān)測(cè)大亞灣極其毗鄰海域的海洋瀕危野生動(dòng)物和珍稀野生動(dòng)物的資源變動(dòng)狀況，為海洋瀕危和珍稀動(dòng)物的保護(hù)提供科學(xué)保障。

2005年《關(guān)于命名2005年農(nóng)業(yè)部重點(diǎn)野外科學(xué)觀測(cè)試驗(yàn)站的通知》（農(nóng)科教發(fā)〔2005〕14號(hào)）命名實(shí)驗(yàn)站為首批58個(gè)農(nóng)業(yè)農(nóng)村部科學(xué)觀測(cè)實(shí)驗(yàn)站之一。

2011年《農(nóng)業(yè)部關(guān)于公布農(nóng)業(yè)部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室及農(nóng)業(yè)科學(xué)觀測(cè)實(shí)驗(yàn)站名單的通知》（農(nóng)科教發(fā)〔2011〕8號(hào)）公布實(shí)驗(yàn)站為“海洋漁業(yè)與可持續(xù)發(fā)展學(xué)科群”第一批建設(shè)的農(nóng)業(yè)科學(xué)觀測(cè)實(shí)驗(yàn)站。

實(shí)驗(yàn)站已發(fā)展成為我國(guó)大陸南部唯一的、具有明顯熱帶亞熱帶區(qū)域代表性的海洋漁業(yè)資源與生態(tài)環(huán)境科學(xué)觀測(cè)實(shí)驗(yàn)站，是南海漁業(yè)資源環(huán)境領(lǐng)域獲取原始資料和基礎(chǔ)數(shù)據(jù)、開(kāi)展?jié)O業(yè)綜合科學(xué)研究、服務(wù)漁業(yè)生產(chǎn)的重要科技創(chuàng)新平臺(tái)。