實驗室科研環境條件良好，現有實驗室總面積8500平方米，實驗室包括海洋漁業資源養護與可持續利用、漁業環境保護與生態調控、水產種質資源保護與利用、海水養殖生物疾病控制、海水健康養養殖及漁業工程技術等功能實驗室。擁有價值5萬元以上的大型儀器設備85臺（套），原值總計為2589.3萬元。主要有離子色譜儀、氣相色譜儀、紅外光譜儀、庫爾特計數及粒度分析、全自動元素分析儀、蛋白純化系統、研究級顯微拉曼光譜儀、SNP分析系統、遺傳分析儀、純水系統、液質聯用儀、二氧化碳臨界萃取儀、高效液相色譜儀、流動注射分析儀、手提測漁系統、原子吸收分光光度計、正置熒光顯微鏡、超速冷凍離心機等等大型儀器設備。
近年，實驗室不斷加大條件建設力度，實驗室還將新增一批大型儀器設備支撐未來研究方向，使實驗室的科研條件達到了同類研究的國內先進水平。
